Die Pfarrei Ernetschwil wurde 1844 errichtet. Vorher gehörte der Tagwen Ernetschwil (Kirchgenossenschaft) zur Pfarrei Uznach. Mit der Auslösesumme von 47'000 Gulden bauten die Ernetschwiler ihre eigene Pfarrkirche, die 1848 geweiht wurde. Da Kardinal Karl Borromäus 1570 auf seiner Pilgerreise durch Ernetschwil ritt, schien es naheliegend, dass das neu erbaute Gotteshaus dem grossen Heiligen aus Mailand geweiht wurde. 1850 wurde das bisherige baufällig gewordene Kirchlein, die St. Anna Kapelle, abgebrochen.

Das Gebiet der Politischen Gemeinde Ernetschwil umfasst keine identische Kirchgemeinde. Die Fraktion Gebertingen gehört zur Kirchgemeinde St. Gallenkappel. Ricken bildet eine eigene Kirchgemeinde und der Hof Aecheltschwil ist der Kirchgemeinde Uznach zugeteilt.